Škola je izgrađena u povodu 50 godina vladavine austrougarskog cara Franje Josipa I. do zgrade današnje gimnazije.

Počela je s radom kao I. Jubilarna škola "Car Franjo Josip I." upisom prvog naraštaja učenika 1900./1901.godine.

U vrijeme Kraljevine Jugoslavije zvala se Osnovna škola "Kraljica Marija", a u ostatku burnog 20.staoljeća zgrada škole služila je u različite svrhe i nosila imena Hamze Hume, Ilije Jakovljevića i Treća osnovna škola.

Zgrada škole uništena je tijekom ratnih sukoba u noći s 10. na 11. svibnja 1993.godine, ali ne i Škola koja od školske 1993./1994. radi u prostorijama bivšeg Poljoprivrednog fakulteta na adresi Trg hrvatskih velikana b.b.

Pod okriljem Treće osnovne škole djeluje i Područni razredni odjel u Pologu.